Foseptik tankı, vidanjör olarak bilinen vakumlu atık temizleme aracıyla boşaltılır. Tankın üstündeki rögar/kapak açılır, yüksek basınçlı vakum hortumu tankın içine indirilir ve sistem çalıştırılarak atık tamamen çekilir. Boşaltılan atık, atık su arıtma veya bertaraf tesisine taşınır. İşlemin alanında uzman bir ekip tarafından yapılması önerilir.
Foseptik tankı tamamen boşaltıldığında atık, atık su depolama ve arıtma tesislerine taşınır. Bu tesisler genellikle şehre çok uzak olmadığından taşıma mesafesi kısadır. Depolanan atığın bir kısmı gübreleştirme (kompost) yoluyla yenilenebilir gübreye dönüştürülebilir; gazlaştırma gibi yöntemlerle atıklar enerji üretiminde de yeniden değerlendirilebilir.
Foseptik tankının dolduğunu anlamanın birkaç yolu vardır. Bu belirtileri beklemeden düzenli kontrolle de doluluk tespit edilebilir ve tank zamanında boşaltılabilir. Başlıca belirtiler şunlardır:
Boşaltım sıklığı tank boyutuna ve kullanıcı sayısına bağlıdır. Küçük foseptik tankların genellikle yılda bir kez boşaltılması gerekir; büyük tanklar birkaç yıl boşaltıma gerek duymadan çalışabilir. Önerilen boşaltma sıklığı için boşaltım firmalarıyla iletişime geçilebilir.
Foseptik tankı boşaltma maliyetinin sabit bir standardı yoktur. Tesis ile tank arasındaki mesafe, atık hacmi ve tanka erişim kolaylığı gibi etkenlere göre maliyet değişebilir.